根据《攻壳机动队》作者士郎正宗的原作概念、《Excel Saga》作者六道真司作画的漫画《甲壳的潘多拉》已被改编成动画。在改造人和自主机器人开始在一些发达国家普及的时代，少女奈奈可郎·宁宁，因童年时的一场意外，除了大脑以外全身都被义体取代。她来到人工度假岛屿“仙南九郎岛”与亲戚同住。然而，等待她的却是截然不同的全新生活，岛上充斥着武装恐怖分子和大规模杀伤性武器。